Обєднання країни; сьогунат Токугаева
Політична роздробленість поставила на порядок денний завдання обєднання країни. Цю місію виконали три визначні політичні діячі країни: Ода Нобунага (1534-1582), Тойотомі Хідзесі (1536-1598) і Токугава Іеясу (1542-1616). У 1573 г., перемігши найбільш впливових дайме і нейтралізувавши запеклий опір буддійських монастирів, Ода скинув останнього сьогуна з будинку Асікага. На кінець свого недовгого політичної карєри (він був убитий у 1582 р.) він опанував половиною провінцій, включаючи столицю Кіото, і провів реформи, які сприяли ліквідації роздробленості і розвитку міст. Опіка християнам, що зявилися в Японії в 40-х роках XVI ст., Обумовлювалося непримиренним опором буддистських монастирів політичному курсу Ода. У 1580 р. у країні було близько 150 тис. християн, 200 церков та 5 семінарій. На кінець XVII ст. їхня кількість зросла до 700 тис. чоловік. Не в останню чергу росту чисельності християн сприяла політика південних дайме, зацікавлених у володінні вогнепальною зброєю, виробництво якого було налагоджено у Японії-католиками португальцями.
Внутрішні реформи наступника Ода, вихідця з селян Тойотомі Хідзесі, що зумів завершити обєднання країни, мали головною метою створення стану справних платників податків. Земля була закріплена за селянами, здатними платити державні податки, казенний посилений контроль за містами і торгівлею. На відміну від Ода він не чинив заступництва християнам, проводив кампанію з вигнання місіонерів з країни, переслідував японців-християн - нищив церкви і друкарні. Успеха така політика не мала, бо переслідувані ховалися під захистом прийняли християнство бунтівних південних дайме.
Після смерті Тойотомі Хідзесі в 1598 р. влада перейшла до одного з його сподвижників Токугава Ізясу, який в 1603 р. проголосив себе сегуном. Так розпочався останню, третю, найтриваліший за часом (1603-1807 рр.). Сьогунат Едо.
Одна з перших реформ дому Токугава була спрямована на обмеження всевладдя дайме, яких налічувалося близько 200. З цією метою ворожі правлячому дому дайме територіально рассредотачівалісь. Ремесло і торгівля в містах, які перебували під юрисдикцією таких тодзама, передавалися в підпорядкування центру разом з містами.
Аграрна реформа Токугава ще раз закріпив селян за їх землями. При ньому були строго розмежовані стани: самураї, селяни, ремісники і торговці. Токугава почав проводити політику контрольованих контактів з європейцями, виділивши серед них голландців і закривши порти для всіх інших і, перш за все, місіонерів католицької церкви. Ті, що прийшли через голландських купців європейські наука і культура отримали в Японії назву голландської науки (рангакуся) і мали великий вплив на процес вдосконалення економічного ладу Японії.
XVII століття принесло Японії політичну стабільність і економічне процвітання, але вже в наступному столітті почався економічна криза. У складному становищі опинилися самураї, позбавлені необхідного матеріального утримання; селяни, частина яких змушена була йти в міста; дайме, багатство яких помітно скорочувалася. Правда, влада сьогунів ще продовжувала залишатися непорушною. Чималу роль зіграло в цьому відродження конфуціанства, що став офіційною ідеологією і робить вплив на спосіб життя і думок японців (культ етичної норми, відданість старшим, міцність сімї).
Криза третього сьогунату виразним став з 30-х рр.. XIX ст. Ослабленням могутності сьогунів скористались в першу чергу тодзама південних районів країни, Тесю і Сацума, які багатіли за рахунок контрабандної торгівлі зброєю і розвитку власної, в тому числі і військової промисловості. Другий удар по авторитету центральної влади завдало насильницьке «відкриття Японії" США та європейськими країнами в середині XIX ст. Національно-патріотичних символом антііностранного і антісегунского руху став імператор, а центром тяжіння всіх бунтівних сил країни - імператорський палац у Кіото. Після короткого опору восени 1866 сьогунат впав, а влада в країні передано 16-річному імператору Міцухіто (Мейдзі) (1852-1912). Японія вступила в нову історичну епоху.
Отже, історичний шлях Японії в середні віки було не менш напруженим і драматичним, ніж у сусіднього Китаю, з якими острівна держава періодично підтримувало етнічний, культурний, економічний контакти, запозичуючи у більш досвідченого сусіда зразки політичної та соціально-економічного устрою. Однак пошук свого національного шляху розвитку привів до становлення самобутньої культури, режиму влади, громадського ладу. Відмінною рисою японського шляху розвитку сталі більший динамізм всіх процесів, висока соціальна мобільність при менш глибоких формах суспільного антагонізму, здатність нації сприймати і творчо переробляти досягнення інших культур.